Junto a la Administración institucional común, el Ordenamiento jurídico español regula otras organizaciones especializadas con pretensiones de independencia política y jurídica. Tal “independencia” es respecto del poder ejecutivo, del Gobierno, lo que se alcanza privándole o limitándole el poder de nombramiento o destitución de los directivos del Ente en cuestión. Las limitaciones al poder gubernamental sobre las Administraciones independientes son, a veces, simple autolimitación del ejecutivo a favor de los titulares de los órganos (caso del Banco de España o la CNMC), pero en otros casos la limitación gubernamental beneficia al poder legislativo (caso RTVE) o al poder judicial (caso de la Administración electoral).

No caben criterios finalistas en la definición de las Administraciones independientes, sino formales, y en ese sentido administraciones independientes serían aquellas que correspondiendo por naturaleza a la órbita de las funciones o servicios del poder ejecutivo, sus cúpulas u órganos directivos son sustraídos a la dirección del Gobierno, al que se limitan los poderes de nombramiento o destitución, creando un centro propio de imputación de responsabilidad.

No todos los órganos que cita la Constitución, al margen del Poder Judicial y del Parlamento, pueden ser catalogadas como Administraciones independientes (ej. Defensor del pueblo, Tribunal de cuentas, Consejo de Estado). Otras administraciones de tipo autogestionario como los colegios profesionales se sitúan más en terrenos de las administraciones independientes.

Más claramente, son administraciones independientes determinados servicios públicos, constitucionalmente reconocidos, como la Universidad o los Medios de Comunicación Social del estado o el Consejo de la Juventud. En el caso de las Universidades la L.O. 6/2001, atribuye el gobierno de cada universidad a diversos órganos: claustro universitario, junta de gobierno y rector. El respeto a la autonomía universitaria ha llevado a la creación de un órgano, el Consejo de Coordinación Universitaria, que la LOU define como “el máximo órgano consultivo y de coordinación del sistema universitario”.  Con este sistema el Estado o las Comunidades Autónomas pagan pero no mandan en las universidades.

Otro supuesto que señalábamos es RTVE; la intervención del poder legislativo en la organización y control de la misma ha resultado tan determinante, que bien pudiera calificarse como un servicio público parlamentario. La responsabilidad y presencia del Gobierno se articula a través de su facultad de nombrar al Director del Ente público. El nombramiento ha de hacerse previa audiencia al Consejo de Administración (que es nombrado por el Parlamento), por un plazo de cuatro años.

Otros supuestos de administraciones independientes no traen causa de su mención constitucional. Es el caso del Consejo de Seguridad Nuclear, con competencias en seguridad nuclear y protección radiológica, y en el que la pérdida del poder y responsabilidad gubernamental se hace en beneficio del poder legislativo. O de la Administración electoral, organización sin personalidad jurídica, cuya misión es la de asegurar la objetividad de las consultas electorales. Los vocales de la Junta electoral central son nombrados mediante insaculación por el Consejo General del Poder Judicial.

En algunas administraciones independientes se ha acudido a la técnica del mandato de plazo fijo, pretendiendo así asegurar una cierta neutralidad o independencia del Gobierno para determinados organismos por sus trascendentales funciones económicas, como ocurre con el Banco de España. La autonomía orgánica consiste en la inamovilidad del Gobernador, subgobernador y los seis consejeros, durante un mandato de seis años, los cuales, una vez nombrados por el Gobierno, no pueden ser separados libremente por él. Además tiene ciertas garantías de independencia funcional, pudiendo elegir con autonomía los medios necesarios para ejecutar los objetivos de política monetaria fijados por el Gobierno.

A este mismo modelo responde la organización de la CNMC. Igual sucede con la Agencia Española de protección de datos, en la que la garantía orgánica de su independencia consiste en la inamovilidad de su director, el cual no está sujeto, además, a instrucción alguna.